Het bestuur van de Liga wordt toevertrouwd aan een Raad van bestuur (Voorzitter J.P. Willaert), een Directiecomité (Afgevaardigd bestuurder Th. Pierard) en de Directie (Algemeen directeur Dr. F. Van de Casseye). Alle wetenschappelijke en medische informatie wordt goedgekeurd door een Wetenschappelijke Raad (Voorzitter Dr. Luc Missault, AZ Sint-Jan Brugge), waarin alle Belgische universiteiten en vertegenwoordigers van huisartsen vertegenwoordigd zijn.
De Belgische Cardiologische Liga maakt deel uit van European Heart Network, een Europees netwerk voor cardiovasculaire preventie. Haar directeur-generaal zetelt in de Board van European Heart Network.
De Belgische Cardiologische Liga is eveneens lid van de Wereld Hart Federatie.